Melihat tindakan berani Gatot Subroto, atasannya kemudian meluluskan apa yang dikerjakan Gatot Subroto, yakni memihak pribumi terlebih rakyat kecil. Ia juga menentang Jepang jika berbuat semena-mena dan kasar terhadap anak buahnya.
Setelah kemerdekaan Indonesia berhasil didapat, Gatot Subroto kemudian membentuk Tentara Keamanan Rakyat (TKR) yang merupakan cikal bakal nama Tentara Nasional Indonesia yang ada kini. TKR dipimpin oleh Kol. Sudirman di mana saat itu Gatot Subroto menjabat sebagai Kepala Siasat dan berganti menjadi Komandan Devisi dengan pangkat Kolonel setelah prestasinya yang dianggap gemilang dalam pertempuran Ambarawa.
Pada tahun 1948 terdapat Peristiwa Madiun atau Madiun Affairs yang melibatkan pihak Partai Komunis Indonesia (PKI) dan Tentara Nasional Indonesia. Pemberontakan tersebut berada di wilayah Madiun, Jawa Timur, yang kemudian berakhir diatasi dengan baik oleh TKR di bawah pimpinan Gatot Subroto. Saat melawan PKI, Gatot Subroto melancarkan operasi militer agar dapat memulihkan keamanan.
Di sebelah barat, Gatot yang diangkat menjadi Gubernur Militer Wilayah II (Semarang-Surakarta) tanggal 15 September 1948, serta pasukan dari Divisi Siliwangi, sedangkan dari timur diserang oleh pasukan dari Divisi I, di bawah pimpinan Kolonel Soengkono, yang diangkat menjadi Gubernur Militer Jawa Timur, tanggal 19 September 1948, serta pasukan Mobil Brigade Besar (MBB) Jawa Timur, di bawah pimpinan M. Yasin.
Panglima Besar Soedirman menyampaikan kepada pemerintah, bahwa TNI dapat menumpas pasukan-pasukan pendukung Muso dalam waktu 2 minggu. Memang benar, kekuatan inti pasukan-pasukan pendukung Muso dapat dihancurkan dalam waktu singkat. Tanggal 30 September 1948, kota Madiun dapat dikuasai seluruhnya.
Pasukan Republik yang datang dari arah timur dan pasukan yang datang dari arah barat, bertemu di hotel Merdeka di Madiun. Namun pimpinan kelompok kiri beserta beberapa pasukan pendukung mereka, lolos dan melarikan diri ke beberapa arah, sehingga tidak dapat segera ditangkap.
Baru pada akhir bulan November 1948 seluruh pimpinan dan pasukan pendukung Muso tewas atau dapat ditangkap. Sebelas pimpinan kelompok kiri, termasuk Amir Syarifuddin Harahap, mantan Perdana Menteri Republik Indonesia, dieksekusi pada 20 Desember 1948 di makam Ngalihan, atas perintah Kol. Gatot Subroto.
Tak berbeda jauh dengan pemberontakan yang ada di Jawa, di Sulawesi Selatan juga terdapat pemberontakan Kesatuan Gerilya Sulawesi Selatan (KGSS) yang dipimpin oleh Kahar Muzakar pada tahun 1952. Lagi-lagi karena dinilai pandai dalam memasang strategi, Gatot Subroto diserahi untuk menumpas pasukan pemberontak dan kembali pulang dengan membawa kemenangan.
baca juga : 17 Juni 1939 : Suaka Margasatwa Muara Angke Ditetapkan Sebagai Cagar Alam Oleh Pemerintah Hindia Belanda
Tak hanya sekadar kemenangan, para pemberontak pun juga berhasil dibujuknya agar kembali dalam barisan TKR. Berkat usahanya tersebut, Gatot Subroto diangkat menjadi Panglima Tentara & Teritorium (T & T) IV Diponegoro pada tahun yang sama.
Selama memimpin, Gatot Subroto dikenal sebagai pemimpin yang disiplin, tegas, berani, dan membela kaum yang tertindas. Maka, pada tahun 1953, ketika terjadi kerusuhan di istana negara akibat tuntutan rakyat atas pembubaran parlemen ditolak, Gatot Subroto yang dituduh sebagai dalang kerusuhan tersebut langsung mengundurkan diri dari jabatannya sekaligus dari dinas militer.
Pada 1953, ia mengundurkan diri dari dinas militer, namun tiga tahun kemudian diaktifkan kembali sekaligus diangkat menjadi Wakil Kepala Staf Angkatan Darat (Wakasad) pada tahun 1956. Melalui tangannya, ia berhasil melumpuhkan pemberontakan Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia-Perdjuangan Rakjat Semesta (PRRI/Permesta) yang ada di Sumatera dan Sulawesi Utara.
Pada tanggal 11 Juni 1962, Gatot Subroto meninggal di usia 54 tahun. Pangkat terakhir yang disandangnya adalah Letnan Jenderal. Ia adalah penggagas akan perlunya sebuah akademi militer gabungan (Angkatan Darat, Angkatan Udara, Angkatan Laut) untuk membina para perwira muda. Gagasan tersebut diwujudkan dengan pembentukan Akademi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia pada tahun 1965.
Melengkapi pangkatnya, seminggu setelah ia dimakamkan di desa Mulyoharjo, Ungaran, Jogjakarta, gelar Pahlawan Kemerdekaan Nasional menurut Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No.283 tanggal 18 Juni 1962 disematkan kepadanya. (Sumber : Wikipedia)