Setelah kerusuhan tersebut, setidaknya 169 warga sipil ditahan tanpa surat perintah dan beberapa dilaporkan disiksa. Para pemimpin ditangkap dan diadili karena tuduhan subversif, kemudian diberi hukuman panjang. Yang lainnya, termasuk Amir Biki, termasuk di antara mereka yang terbunuh.
Laporan awal menyebutkan 20 orang tewas. Catatan resmi saat ini memberikan total 24 korban tewas dan 54 terluka (termasuk militer), sementara korban selamat melaporkan lebih dari seratus orang tewas. Masyarakat Tanjung Priok memperkirakan total 400 orang terbunuh atau hilang, sementara laporan lainnya menyarankan hingga 700 korban.
Gencarnya gerakan hak asasi manusia pasca lengsernya Suharto pada tahun 1998, beberapa kelompok dibentuk untuk mengadvokasi hak-hak korban, termasuk Yayasan 12 September 1984, Solidaritas Nasional untuk Peristiwa Tanjung Priok 1984, dan Keluarga Besar untuk Korban Insiden Tanjung Priok (didirikan oleh janda Biki Dewi Wardah dan putra Beni). Kelompok-kelompok ini mendorong Dewan Perwakilan Rakyat dan Komnas HAM untuk menyelidiki lebih lanjut tragedi tersebut; di DPR, perwakilan A.M. Fatwa dan Abdul Qodir Jaelani, yang pernah ditangkap setelah tragedi tersebut, mendesak penyelidikan lebih lanjut. Pada tahun 1999, Komnas HAM sepakat untuk menyelidiki insiden tersebut, membentuk Komisi Investigasi dan Pemeriksaan Pelanggaran HAM di Tanjung Priok (KP3T).
KP3T terutama terdiri dari tokoh politik dari rezim sebelumnya, termasuk mantan jaksa agung Djoko Sugianto. Laporan yang dihasilkan, yang dirilis pada awal Juni 2000, menemukan bahwa tidak ada pembantaian sistematis dalam insiden tersebut. Ini tidak diterima dengan baik oleh masyarakat umum. Pada tanggal 23 Juni 2000, sekitar 300 anggota Front Pembela Islam (FPI) menyerang markas Komnas HAM saat mengenakan pakaian Islami dan syal hijau. Mereka memecahkan jendela dengan batu dan batang rotan, melebihi jumlah dan banyak pasukan keamanan. FPI marah atas laporan tersebut dan beranggapan telah terjadi praktik kolusi dengan militer, dengan alasan bahwa tindakan tersebut diabaikan oleh militer; dan bersikeras agar Komnas HAM dihapuskan.
Sementara itu, Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Yusril Ihza Mahendra menulis bahwa Komnas HAM telah menerapkan standar ganda saat menyelidiki masalah tersebut; dia mengatakan bahwa mereka tampak lebih enggan untuk menyelidiki insiden Tanjung Priok dan lebih memilih menyelidiki krisis Timor Leste tahun 1999. Pemimpin Partai Bulan Bintang Ahmad Sumargono menyebut keputusan tersebut mengecewakan kaum Muslim di mana-mana.
baca juga : 11 September 1945 : Radio Republik Indonesia Didirikan dan Resmi Mengudara
Pada bulan Oktober 2000, Komnas HAM mengeluarkan laporan lain yang menunjukkan bahwa 23 orang, termasuk Sutrisno dan Moerdani, harus diselidiki atas keterlibatan mereka; Ia meminta pengadilan ad hoc untuk menyelidiki masalah ini lebih lanjut. Presiden Abdurrahman Wahid juga meminta penyelidikan lebih lanjut pada pengadilan yang akan datang. Beberapa pejabat militer membuat surat pengampunan (islah) dengan keluarga korban; meski islah tidak mengandung pengakuan bersalah, korban menerima kompensasi sejumlah Rp. 1,5-2 juta. Islah pertama meliputi 86 keluarga, seperti yang diwakilkan oleh Rambe, sedangkan untuk keluarga Biki terjadi pada islah kedua.
Pada tanggal 1 Maret 2001 sejumlah islah telah dibuat. Hasil islah tersebut, beberapa korban atau keluarga mereka menyarankan kepada penyidik M.A. Rachman bahwa tuntutan harus dijatuhkan. Investigasi baru berlanjut pada bulan Juli 2003.
Di bawah tekanan internasional, pada tahun 2003 DPR menyetujui penggunaan undang-undang hak asasi manusia tahun 2000 untuk membawa pelaku pembantai ke pengadilan atas kejahatan terhadap kemanusiaan; persidangan dimulai pada bulan September tahun itu. Mereka yang dibawa ke pengadilan termasuk Kolonel Sutrisno Mascung, pemimpin Peleton II Batalyon Artileri Pertahanan Udara saat itu, dan 13 bawahannya.
Pejabat berpangkat tinggi saat itu, termasuk komandan militer Jakarta Try Sutrisno dan Kepala Angkatan Bersenjata L. B. Moerdani, dibebaskan dari tuntutan, seperti mantan Presiden Soeharto dan mantan Menteri Kehakiman Ismail Saleh. Penuntutan dipimpin oleh Widodo Supriyadi, dan Wakil Ketua DPR A.M. Fatwa bertugas sebagai saksi penuntutan.
Beberapa petugas yang diadili divonis bersalah, sementara Sriyanto dan Pranowo dibebaskan. Pada tahun 2004 kantor Kejaksaan mengajukan banding atas pembebasan Sriyanto dan Pranowo, namun ditolak. Keputusan tersebut kemudian dibatalkan oleh Mahkamah Agung RI. (sumber wikipedia)