Pada 15 Januari 1962 sebuah pertempuran pecah di Laut Arafuru, Irian Barat. Dalam pertempuran tersebut, gugurlah Pahlawan Nasional Komando Yos Sudarso. Selain itu, pemerintah berhasil menyusupkan beberapa tentara ke hutan belantara Irian Barat untuk melakukan serangan darat.
Dunia pun cemas dengan operasi militer yang dilakukan oleh Indonesia, Sekjen PBB U Thant menunjuk Duta Besar AS Elsworth Bunker untuk menjadi mediator Indonesia dengan Belanda.
Pada 15 Agustus 1962, ditandatangani oleh Perjanjian yang dikenal dengan Perjanjian New York yang ditandatangani oleh Menteri Luar Negeri Indonesia, Soebandrio dan delegasi Belanda Van Royen. Isi dari Perjanjian New York adalah dibentuk peralihan pemerintahan dari Belanda kepada PBB melalui suatu badan khusus.
PBB membentuk UNTEA sebagai badan peralihan kekuasaan di Irian Barat. Badan ini mulai efektif bekerja pada 1 Oktober 1962. Akhirnya pada 1 Mei 1963 UNTEA pun menyerahkan Irian Barat kepada Indonesia, bendera merah putih pun berkibar di tanah Irian Barat.
baca juga : 10 Juni 1968 : Presiden Soeharto Melantik Kabinet Pembangunan I
Namun itu belum selesai, mengingat Indonesia harus melaksanakan Penentuan Pendapat rakyat (Pepera) untuk mengetahui aspirasi rakyat Irian Barat. Pada 11 Juni 1964 juga dibentuk komisi bersama Indonesia dan Belanda agar proses referendum berjalan aman.
Sulitnya infrastruktur di Irian Barat dan perubahan politik di Indonesia menyebabkan Pepera baru dilaksanakan pada 1969, dengan dihadiri oleh utusan PBB masyarakat Irian Barat menyatakan memilih bergabung dengan Indonesia.
Hasil ini kemudian dilaporkan kepada Pemerintah Indonesia di Jakarta, Presiden Soeharto pun mengubah nama Irian Barat menjadi Irian Jaya dan menetapkannya sebagai provinsi ke-26. (dari berbagai sumber)